Tem gente que coloca os modelos diretamente na parede e existem muitos arranjos pra se fazer isso:
É lógico que dependendo do ambiente, isso será um pesadelo com o efeito da poeira e também das moscas. Eu já coloquei modelos 1/32 na parede, pendurados pela cauda, amarrados em pregos, como quadros. Mas aqui onde moro a poeira é terrível... Se voce tem gatos, eu recomendo gastar um pouco mais e fazer uma vitrine fechada, tipo cristaleira. Isso pode até ser na forma de prateleira única, mas o fechamento será crucial para a proteção tanto da poeira quanto do bichano...
Seu problema será proporcional a escala que voce adota em sua coleção...
Voce pode colocar os modelos em caixas transparentes individuais, como voce mencionou, imagino que sua escala seja 1/72 pra isso. Mas assim sendo voce pode fixar prateleiras na parede e colocar as caixas dos modelos nessas prateleiras. Isso irá ferir bem menos a parede.