Edu, este processo o pessoal que "coleciona" insetos utiliza para guarda-los em "cubos" de resina, fica bem legal.
Fiquei pensando aqui que fora usar borracha de silicone (pela quantidade necessária o custo é considerável) tua melhor opção é o vidro até mesmo pelo acabamento mais liso que ele já da nas laterais, outro material vai deixar tuas laterais mais porosas/irregulares e vai diminuir a transparência, exigindo mais lixa e polimento no final.
Mesmo se usar borracha o teu master tem que ser de vidro para o molde ficar bastante liso.
Acho que tu deveria insistir no molde de vidro porém repensando o desmoldante, pense em algo que faça algum tipo de película (fina) e que saia junto ao final, por exemplo umas camadas de verniz ou cola branca pulverizada para ficar uniforme, depois de desmoldar vai sair na lixagem/polimento.
O desmoldante líquido (óleos) sempre vai diluir em algum lugar e deixar a resina pegar no vidro, se for pastoso (graxa ou vaselina) não vei deixar as laterias lisas como precisam ser e ainda assim corre o risco de diluir.
Bem a idéia é essa, agora é pensar em alternativas do desmoldante e testar numa forma pequena.
E.T. - Teu primeiro teste ficou bom demais e ideal se tivesse desmoldado, muito bom o resultado da resina superior depois de curada.