Heitor,
Já passei por isso e tentei de tudo, até me acertar com um jogo de canetinhas tipo hidrocor.
Pinto a transparência pela frente, com a cor apropriada ou se o visor não for transparente, pinto de prateado e depois uso a caneta.
Em transparências, dependendo do ângulo, pode ser necessário pintar por trás, de prateado ou algum tom apropriado.
A vantagem, além do custo irrisório, é que se algo der errado, geralmente sai com alcool ou algum solvente menos agressivo.
A desvantagem é que se for necessário pintar sobre a canetinha, algumas tintas podem reagir mal.
Para prateado uso de canetas similares, procure marcas japonesas, geralmente com duas pontas (fina e grossa). Tem ainda as Molotov, parece cromado mas custam caro.
Nem pense em tentar com aquelas para quadro branco (cd e retroprojetor), não saem com nada e reagem bastante com outras tintas.
PlastiAbraços